PT Perkebunan Nusantara XI (Persero) didirikan sesuai Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 16 Tahun 1996 tanggal 14 Pebruari 1996, merupakan gabungan antara PT Perkebunan XX (Persero) dan PT Perkebunan XXIV-XXV (Persero) yang masing-masing didirikan berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 6 Tahun 1972 dan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 15 Tahun 1975.
Anggaran Dasar Perusahaan Perseroan (Persero) PT Perkebunan Nusantara XI sesuai Akta Nomor 44 tanggal 11 Maret 1996, yang dibuat oleh Notaris Harun Kamil, SH., telah disahkan oleh Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor : C2-8339 HT.01.01.Th.96, tanggal 8 Agustus 1996 dan telah diumumkan dalam Tambahan Berita Negara Republik Indonesia tanggal 8 Oktober 1996 Nomor 81, beserta perubahan-perubahannya, yang terakhir sebagaimana Akta Pernyataan Keputusan Rapat Nomor 3 tanggal 19 November 2012 yang dibuat dihadapan Notaris Ny. Erna Anggraini Hutabarat, SH., M.Si., dan telah mendapat persetujuan berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor : AHU- 03506.AH.01.02. Tahun 2013, tanggal 30 Januari 2013.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 72 Tahun 2014 Tentang Penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia Ke Dalam Modal Saham Perusahaan Perseroan (Persero) PT Perkebunan Nusantara III, maka status PT Perkebunan Nusantara XI menjadi anak perusahaan dengan PT Perkebunan Nusantara III (Persero) sebagai Holding BUMN Perkebunan. Launching Holding BUMN Perkebunan dilakukan pada tanggal 2 Oktober 2014 bertempat di halaman Kantor Pusat PT Perkebunan Nusantara XI Surabaya. Hal ini ditindaklanjuti dengan perubahan pada Anggaran Dasar PT Perkebunan Nusantara XI berdasarkan akta notaris nomor 31 tanggal 23 Oktober 2014 yang dibuat oleh Notaris Nanda Fauz Iwan, SH.,M.KN dan Keputusan Menteri Hukum dan hak Asasi Manusia nomor AHU-10565.40.20.2014 tentang Persetujuan Perubahan Badan hukum Perseroan Terbatas PT Perkebunan Nusantara XI.